Węglokoks Energia NSE pierwotnie jako Nadwiślańska Spółka Energetyczna Sp. z o.o. powstała 24.04.1996 roku. Powołała ją Nadwiślańska Spółka Węglowa S.A. z siedzibą w Tychach. Do 2001 roku siedziba spółki znajdowała się w Bieruniu (woj. Śląskie), później spółka przeniosła się do Brzeszcz (woj. Małopolskie), gdzie swoją siedzibę ma do dziś. Głównymi celami powstania NSE niemal 20 lat temu były: urentownienie gospodarki energetycznej w ramach Nadwiślańskiej Spółki Węglowej SA, urealnienie cen ciepła,odtworzenie struktury produkcyjnej i przesyłowej oraz zagwarantowanie bezpieczeństwa dostaw ciepła.

Do dziś bezpieczne i niezawodne dostarczanie ciepła do klientów jest priorytetem NSE.

W latach 1996-1998 działalność Spółki miała charakter zarządczy nad przekazywanym jej majątkiem ciepłowniczym. Działalnością gospodarczą w zakresie produkcji oraz sprzedaży energii cieplnej zajmowały sie spółki pracownicze funkcjonujące w obrębie kopalń: „Czeczott”, „Piast”, „Janina”, „Silesia” i „Ziemowit”.

W kolejnych dwóch latach (1998-1999) Spółka przejęła zakres działalności oddziału kotłowo-sprężarkowego KWK „Brzeszcze”, Przedsiębiorstwa Energetyki Cieplnej Sp. z o.o. w Tychach Odział Brzeszcze oraz wyżej wymienionych spółek pracowniczych – za wyjątkiem KWK „Piast”.

W styczniu 2001 roku Skarb Państwa wykupił 100% udziałów Nadwiślańskiej Spółki Węglowej S.A. natomiast w grudniu 2010 roku jedynym właścicielem stała się Kompania Węglowa S.A., która od Skarbu Państwa nabyła 100% kapitału zakładowego spółki. Na mocy umowy sprzedaży ze stycznia 2012 r. właścicielem 100% udziałów Nadwiślańskiej Spółki Energetycznej sp. z o.o. stał się od 2 maja 2012 Węglokoks S.A., a obecnie jedynym wspólnikiem spółki jest Węglokoks Energia sp. z o.o.

W kwietniu 2014 r. spółka sfinalizowała prace związane z transakcją zbycia części przedsiębiorstwa w postaci Zakładu Ciepłowniczego „Silesia” w Czechowicach-Dziedzicach. Nabywcą zakładu została firma Mining Services and Engineering sp. z o. o. z siedzibą w Czechowicach-Dziedzicach, spółka grupy Energeticky a Prumyslowy Holding A.S.

Obecnie Spółka skupia łącznie 5 zakładów ciepłowniczych, z czego 3 na terenie województwa śląskiego: „Czeczott” w Woli, „Piast” w Bieruniu i „Ziemowit” w Lędzinach oraz 2 zakłady ciepłownicze na terenie województwa małopolskiego: „Brzeszcze” w Brzeszczach i „Janina” w Libiążu. Węglokoks Energia NSE zatrudnia 175 pracowników.